日本著名的寺院主要集中在日本的三大古都京都、奈良和镰仓。
佛教文化是日本文化的一个重要的组成部分，对日本的文学、音乐、美术和 日常生活都有着重要的影响。
京都地区的著名寺院有:
*金阁寺——正式的名称是鹿苑寺，位于北区，是京都北山文化的中心。作为该寺 舍利殿的金阁，二、三层贴满了金箔，因此显得金碧辉煌。原物1950年毁于寺僧 放火，1955年重建。寺中的池泉回游式庭园也颇引人注目。
*大德寺——位于北区。始建于1351年，曾一度成为日本佛教五山之首。广阔的寺 内保存着很多重要文物，日本茶道的创始人千利休的墓也在其中。
*三千院——位于左京区。是一座建在高地上的天台宗寺院，最初由最澄法师建寺， 后因战乱数次迁徙，庆仁之乱后移到现在的寺址。极乐院中安置的三尊阿弥陀佛像，非常有名。
*寂光院——位于左京区。据传是由圣德太子于594年创建的天台宗尼庵。平家灭亡后，安德天皇的母亲建礼门院即由此寺出家为尼。本堂中有一尊高达2米多的地藏像。
*清水寺——始建于798年。位于东山区，现存建筑物的大部分都是1633年由三代将军德川家光再建。此寺为法相宗的总本山。本堂有一个在悬崖上由139根木柱支起 的木板平台，是春天观樱、秋天赏枫的好去处。
*知恩院——位于东山区，由法然上人于1175年始创的净土宗的总本山。1619年建 设的三门为日本最大，本堂中安置着法然上人像。
*醍醐寺——位于伏见区。为真言宗醍醐派的总本山，847年由理源大师创建。寺内的五重塔是京都最古老的建筑之一。自丰臣秀吉来此寺赏樱以后，该寺已经成为 京都赏樱的名胜。
*救王护国寺——位于南区。因该寺为东寺真言宗的总本山，故俗称“东寺”。寺内有高达57米的五重塔和金堂等国宝建筑物，还收藏有平安时代以来的各种珍贵文物。
*妙心寺——位于右京区。位临济宗妙心寺派的总本山。1337年由花园太上皇将自己的离宫改建为禅院，是典型的禅宗寺院建筑。40万平方米的寺内建有七堂迦蓝，在日本仅此一寺。国宝梵钟也是日本最为古老的。
*广隆寺——位于右京区。622年奉圣德太子之命而建，为真言宗的总本山。因该寺为飞鸟时代最为杰出的寺院建筑而被指定为日本第一号国宝。寺内安放着弥勒菩 萨半跏思惟像。
*三十三间堂——正式的名称是华莲王院。位于东山区。始建于1164年，1266年再 建，寺名由支撑寺庙的33根柱子之间的柱房而来，里面安置了1001尊木制千手观音像。
奈良地区的著名寺院有:
*兴福寺——为“南都七大寺”之一法相宗的总本山。710年作为藤原家的家寺迁到现在的寺址。经数度火灾，原寺的建筑及器物已十不存一。现寺内仍有东金堂、五重塔和三重塔等不少国宝。
*东大寺——为“南都七大寺”另一大派别华严宗的总本山，也是日本屈指可数的大寺院之一。752年由圣德太子创建。曾遭兵火，江户时代中期进行过补建。寺内有三月堂、南大门、金堂，还有专门用来收藏古代美术品、工艺品的正仓院和 高达14.8米的卢舍那佛坐像(俗称“奈良大佛”)。
*唐招提寺——是由中国唐代高僧鉴真大和尚于759年开山建立的巨刹，为律宗的总 本山。该寺摹仿了中国寺院的建筑格式和布局，寺中处处可以看到中国文化的影响。金堂中供奉的众多的佛像和鉴真坐像是天平时代的精品。
*药师寺——为“南都七大寺”之一法相宗的本山。680年奉天武天皇之命建立。现 存寺内的药师三尊像和吉祥天画像是日本佛教美术的最高杰作。
*法隆寺——位于奈良县斑鸠町，故俗称“斑鸠寺”。据传为圣德太子于607年创立，为“南山七大寺”之一圣德宗的总本山。金堂、五重塔、中门和回廊的一部分是现存世界上最古老的木造建筑物，因此被指定为世界文化遗产。
镰仓地区的著名寺院有：
*瑞泉寺——最初为梦窗国师于1327年创立的临济宗建长寺派的寺院，后成为镰仓御所足利的墓地。寺境面积16万平方米，为镰仓最大。寺内的水仙和梅花非常有名。
*高德院——境内有一座铜制阿弥陀佛坐像，俗称镰仓大佛。像高11.39米，加上莲花座大13.4米。重121吨，是1252年铸造的，现在成了古都镰仓的象征。
*海光山慈照院——俗称“长谷寺”，为736年建立的净土宗的名刹。寺中由一根巨木雕成的十一面观音立像高达9.2米，是奈良时代的作品。该寺建在半山，可远眺比滨和叶山海岸风景。除了三大古都以外，东京的浅草寺和岩手县平泉町的中尊寺也是非常有名的寺院。
*浅草寺——创建于628年，为圣观音宗的总本山。“浅草”本为藏语音译，意为“圣观音居住的地方”。该寺祀奉的圣观世音菩萨也称“浅草观音”。山门上挂 着的大红灯笼和寺前的商业街充满了江户情调，成了外国游客必去的地方。
*中尊寺——该寺是由慈觉大师于850年开山的天台宗寺院，是古奥州藤原文化的最 大古迹。寺内有藏着藤原三代木乃伊的金色堂。堂中遍张金箔，光彩夺目，原为 收藏“一切经”等佛典而建。该寺被称为平安时代工艺美术品的宝库。