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在明末清初的战乱中，洛阳牡丹受到重创。但是经过康熙、雍正时期的稳定发展，洛阳牡丹得以复兴。
在明末清初的战乱中，洛阳牡丹受到重创。但是经过康熙、雍正时期的稳定发展，洛阳牡丹得以复兴。乾隆年间，洛阳牡丹再一次名闻天下，一直兴盛到民国时期。在清朝时期，曹州(今菏泽)牡丹开始为世人所知，但其牡丹之盛，与洛阳相比差之甚远。
1、食言已负牡丹花
明崇祯年间，豫西大旱连年，李自成的军队纵横豫西；清军入关后，又与明军混战于豫西，是时，豫西残破，十室九空。明末清初的孟津人王鑨(lóng)的《哀洛阳故宫》载：“曲径犹传碧梧宫，遗墟但见狐狸踪……哽咽呜呜不忍听，日夕麇鹿上城头。”城池残破，人烟稀少，狐狸、麇鹿在废城奔跑。
清朝控制中原后，在洛阳设河南府，设官分职，劝民农耕。如宜阳首任知县罗尔，次任知县金继望，招民劝垦，民得以安居。顺治、康熙时期，河南风调雨顺，牡丹种植逐步恢复并发展；雍正时期，洛阳牡丹种植开始兴盛。这与河南知府张汉等人的大力推广分不开。
张汉，云南石屏人，清康熙五十二年(公元1713年)进士，授翰林院检讨，雍正二年(公元1724年)任河南知府。张汉为官清廉，重视经济和文化。他著述较多，主要有《留砚堂诗集》等，该书保存了大量有关洛阳的诗作。如《水陆堂纪事》载：“饮酒欲成飞白草，食言已负牡丹花。”同时自注道：“僧向予乞牡丹，未果。”水陆堂是位于洛阳西大街的佛寺，张汉游历此寺时，僧人向他讨要牡丹珍品未果，待他再游水陆堂时，却又忘带了。张汉为此自责，专门写了这首纪事诗。
在洛阳期间，张汉修复了杜甫墓、白居易墓等并广植牡丹。河南府庙宇众多，每县有百余个，一直有种牡丹的传统。今孟津县朝阳镇崔沟有一株清朝牡丹，是50年前从嵩县白云山五马寺遗址移来的，每年都开出200多朵牡丹。伊川县吕店镇清泉寺村，也有一株清朝牡丹，为清泉寺遗物。
2、牡丹名品出洛阳
清代是洛阳牡丹大发展的时期，几部《河南府志》和几十部各县县志留下了大量的牡丹资料：乾隆十年(公元1745年)《洛阳县志》记载牡丹品种达173个；北宋张洵《洛阳花谱》记载花品为121种，为宋代花谱中牡丹品种最多的；明万历四十五年(公元1617年)，薛凤翔《亳州牡丹史》记载牡丹品种200多个，但“献来红、丹州红、延州红、鹿胎花、莲花萼(è)、真珠红、一捻红及姚黄、牛家黄、鞓黄、甘草黄者，皆属未闻”。这些都是洛阳牡丹名品，亳州并无这些。
由于河南府各县有上百个牡丹品种，去掉重复的，清代洛阳牡丹品种约有300个。乾隆五十七年(公元1792年)，余鹏年的《曹州牡丹谱》总共列牡丹品种56个，其中黄者7种、青者1种、红者15种、白者8种、黑者3种，粉者、紫者、绿者共22种，不及乾隆十年《洛阳县志》所列洛阳牡丹品种的三分之一。
乾隆十年《洛阳县志》所列173个洛阳牡丹品种，其中千叶黄花19种、千叶红花56种、千叶紫花14种、千叶绯花7种、千叶白花14种、多叶红花35种、多叶紫花16种、多叶黄花3种、多叶白花2种、特异品种7个。
这7个特异品种是：欧家碧、太极红、娇容三变、蓬莱相公、观音面、白屋出公卿、舞青猊。同时，所列的牡丹品种，有三分之一为新品种，如赛姚黄、赛魏紫、汝州红等。
清朝洛阳牡丹的种植区在洛河之南，龙门山、万安山之北，东起李家楼(今李楼)，西到西场(今新村)，绵延二十余里。雍正十二年(公元1734年)，洛河沿岸开凿水渠数十条，水渠与各支流形成一个水利网络，促进了牡丹的种植。
菏泽知县安奎为《曹州牡丹谱》作序说：“曹州牡丹之盛，著于谈资久矣。而记述未有专书。”曹州有牡丹，起源于明代后期，但牡丹只是零星种植，不见经传。至于清代苏毓眉的《曹南牡丹谱》载“至明，曹南牡丹甲于海内”，更是无据可查。嘉庆《清一统志》引当时的《曹州志》载，曹州牡丹源于亳州。但明末战乱中，亳州、曹州为战乱之地，牡丹皆灭绝。因此，曹州牡丹应是乾隆初年，重新从洛阳、鄢陵、江阴等地引种的。故余鹏年引用友人催促他作《曹州牡丹谱》的信中的话说：“洛阳花要订平生！”
3、古老牡丹花满枝
目前，洛阳留存明清时期的古牡丹300余株，主要分布在各公园以及各县。在全国各地的古牡丹中，很多是清朝时从洛阳移植的。
安徽省怀宁县小市镇求雨村李家，有一株名为“五彩珍珠”古牡丹，是康熙年间由李真宠从洛阳移植的。
沈阳市植物园的“百年牡丹”，是在清光绪十五年(公元1889年)由沈阳粟氏引自洛阳，初植粟氏宅中，1998年粟氏后人捐赠给该植物园的。
甘肃省临洮县西坪乡范家村李家，有株清朝末年栽植的古牡丹，品种为“魏紫”，是李家先人从洛阳引栽的。
江苏省无锡市小娄巷50号，有株株龄130多岁的牡丹，紫色花，是清朝时引自洛阳的。
广东省乐昌县白石区谷家冲村欧氏宅，有株清代乾隆年间遗留下来的牡丹，品种为“杨妃醉酒”。据清《乐昌县志》《欧氏祖谱》记载，乾隆年间，欧相玑(jī)在中原经商，娶洛阳官家女邓氏为妻。邓家将这株牡丹陪嫁到欧家，经代代呵护，传芳至今。
河北省滦平县兴洲村的乾隆行宫遗址内有一株白牡丹，也移自洛阳。乾隆皇帝极喜牡丹，来过洛阳，写了大量有关牡丹和洛阳的诗篇，收入其《御制诗集》中。其《牡丹八韵》载，御园牡丹“标名偏许洛”；《牡丹》载，“洛阳名品冠三春”；《题双头牡丹》载：“琼华当时纪春明，闻说移根自洛京。”
元、明、清洛阳牡丹之盛，往往不为人所知，有必要深入研究，还洛阳牡丹应有之历史地位。