有心室流出道梗阻的患者因具有特征性临床表现，诊断并不困难，超声心动图检查是极为重要的无创性诊断方法，无论对梗阻性与非梗阻性的患者都有帮助，室间隔厚度≥18mm并有二尖瓣收缩期前移，足以区分梗阻性与非梗阻性病例，心导管检查显示左心室流出道压力差可以确立诊断，心室造影对诊断也有价值，临床上在胸骨下段左缘有收缩期杂音应考虑本病，用生理动作或药物作用影响血流动力学而观察杂音改变有助于诊断，此外，还须作以下鉴别诊断。
(一)心室间隔缺损收缩期杂音部位相近，但为全收缩期，心尖区多无杂音，超声心动图，心导管检查及心血管造影可以区别。
(二)主动脉瓣狭窄症状和杂音性质相似，但杂音部位较高，并常有主动脉瓣区收缩期喷射音，第二音减弱，还可能有舒张早期杂音，X线示升主动脉扩张，生理动作或药物作用对杂音影响不大，左心导管检查显示收缩期压力差存在于主动脉瓣前后，超声心动图可以明确病变部位。
(三)风湿性二尖瓣关闭不全杂音相似，但多为全收缩期，血管收缩药或下蹲使杂音加强，常伴有心房颤动，左心房较大，超声心动图不显示室间隔缺损。
(四)冠心病心绞痛，心电图上ST-T改变与异常Q波为二者共有，但冠心病无特征性杂音，主动脉多增宽或有钙化，高血压及高血脂多;超声心动图上室间隔不增厚，但可能有节段性室壁运动异常