生态农业建设是一项复杂而宏伟的系统工程，需要社会各界的广泛支持和参与，形成政府、科技界、农民、企业与社会组织等共同参与的格局。目前，尽管政府成立了专门的生态农业建设领导小组，不少地区也形成了一些自发的生态农业协会等组织，但由于目前的生态农业社会参与机制缺节断链，或参与机制很不完善，导致生态农业建设一头热一头冷，无法把我国生态农业建设推向一个新的阶段。
主要表现在:生态农业宣传不到位，没有得到农民和消费者的的认可;地方领导认识上的差异，或者是热心政绩工程，主抓领导换人后出现生态农业建设不连续;没有充分调动科研技术人员的积极性，农业科技人员没有投入生态农业一线建设，无法实现农业生产和高科学技术的正真结合，生态农业生产缺乏技术创新;缺乏激励机制和有效的扶持机制，从事生态农业的企业少。以上问题导致我国的生态农业建设在旧水平上徘徊不前，无法产生飞跃。
这些问题需要在生态农业建设中不断摸索生态农业管理模式的创新，带动生态农业技术的创新，使生态农业在建设过程中不断完善、不断发展。薄弱环节 我国的生态农业建设目前还有一些薄弱环节函待解决。主要表现在: C政策法规不配套、不健全，生态补偿机制薄弱。农业生产具有外部性，生态农业的正外部效应往往被忽视。常规农业带来的环境问题口益严重，化肥农药的过量投入导致了一系列环境问题。
生态农业尽管能够改善生态环境，但是目前来看，生态农业的经济效益一般不如常规集约化农业，导致生态农业的生产者积极性不足。同时由于生态农产品的认证与监管体系不健全，各个级别的生态农产品标准也不统一，导致消费者无从识别生态农产品与常规农产品的区别，难以刺激生态农产品的有效需求。
组织管理中政府行为较浓，群众主动性不足，企业参与薄弱。纵观中国生态农业二十五年的发展历史，其成功经验主要来自中国政府的大规模推动，主要做法是在全国设立生态农业示范县，在示范县设立示范镇、示范村和示范户，各级政府把设计生态农业示范点作为政绩工程，很少考虑农业生产者的意愿，政府干预色彩浓厚，经常导致生态农业的生产与农产品市场的需求相脱节，许多在政府扶持下成长起来的示范点在政府扶持难以为继的情况下和市场需求结构变化的背景下，渐趋于没落。
生态试点管理模式较为单一，缺乏创新。中国农业生态建设重建轻管现象严
重，各级政府只重视申报和建立生态农业示范点，关心的是产中环节，管理模式以行政干预为主，很少关注产前农资供应和产后的销售渠道，使得生态农业的产业组织难以融入区域乃至区际市场交易大循环，难以提高市场竞争力，实现其市场价值。
投入动力源不足，缺乏社会，特别是企业的广泛参与。中国生态农业建设以政府推动为主，但国家投放的资金很少，一个生态示范县的国家资金一般少于3万元，大部分建设项目由国家、省、县和农户共同承担，但实际上省县二级的配套资金经常不到位，资金的不足使得示范点示范片的管理者只能虚报建设规模，重点建设样板工程以供验收。企业以实现商业利益最大化为目标，主要投资于生产标准化程度和市场价值较高的农产品，生态农业由于生产工序比较复杂，标准化程度低，难以工厂化生产，使得龙头企业在没有政府优惠政策的鼓励下一般不愿意进入。
市场机制培育不足，信息体系薄弱，绿色消费体系远未形成。目前我国社会经济正处于转型时期，农产品市场体系还不健全，生态农业建设二十多年还利用市场机制来推动其自组织发展，生态农产品无法实现优质优价。生产者与消费者之间的信息共享基础设施薄弱，农村信息网络的“最后一公里”问题始终未能得到有效改观，农业生产者的科技与市场信息渠道依然很少。