1946年5月3日，在日本东京原日本军部，远东国际军事法庭开始了一场长达两年半的审判，这场审判一般称为东京审判。
东京审判从1946年5月3日开始，到1948年11月12日结束，共开庭818次，法官内部会议131次，出庭证人419人，779人提供书证、物证达4,336件，审判英文记录达48,412页，判决书长达1,231页。
1946年，审判日本甲级战犯的远东国际军事法庭
最终，宣判了25名被告有罪。其中七名甲级战犯，东条英机、松井石根、武藤章、坂垣征四郎、广田弘毅、木村兵太郎、土肥原贤二被处以绞刑，16人无期徒刑，其他人被判有期徒刑。
这是一次正义的审判，对美国人来说很公平，但是对饱受战争之苦的亚洲人则不尽然。
审判还未开始时，驻日盟军最高统领麦克阿瑟便提出，应由美国单独来进行审判，对日本战犯追究刑事责任。这个提议遭到了各国代表团代表的强烈反对，在各国舆论的强大压力下，麦克阿瑟只能放弃这个打算。但他依然主导了东京审判，所有的审判官都是由麦克阿瑟所决定的。
从法官名单就能看出麦克阿瑟的偏袒：12名法官中，来自亚洲的只有中国的梅汝璈、印度的拉达宾诺德·巴尔(Radhabinod Pal) 以及美属菲律宾的德尔芬·哈那尼拉(Colonel Delfin Jaranilla)。除了美国有3名，英国、加拿大、法国、澳大利亚、荷兰、新西兰以及苏联各1名。
很明显，这份名单中缺乏亚洲受害国的声音。而审判结果与法官构成基本一致。
整个判决的过程中，大法官们在鉴别了海洋一般的证据后，东京法庭最终写入判决书的十项罪状是：
十八年间一贯为控制东亚及太平洋的共同阴谋；对中国实行侵略战争；对美国实行侵略战争；对英国实行侵略战争；对荷兰实现侵略战争；对法国实行侵略战争；制造张鼓峰事件（1938年7月末8月初，日、苏两国之间围绕着中国吉林张鼓峰高地进行的军事冲突）；制造诺门罕事件（二战初期日本及苏联今蒙古境内发生的一场战役）；命令及准许违反条约的行为；怠于防止违反条约的行为。
讨论对被告量刑时，由于日本军方有计划地销毁了相关的文件，且各国受战争损害的情况不同，有的国家的法律已废除死刑，因此在会上出现严重分歧。
法国法官亨利·贝尔纳认为：天皇的责任未予追究，没有理由惩处其追随者；荷兰法官伯纳德·勒林(Professor Bert Roling)认为：不能以破坏和平罪处以死刑；澳大利亚法官威廉·韦伯爵士（Sir William Webb）主张把战犯流放到与世隔绝的地方，要比很快结束生命所受警告更大；印度法官帕尔提出应以宽宏、谅解、慈悲为怀，对全体战犯均无罪开释；菲律宾法官哈那尼拉则认为判决结果过于宽大，所有被告都应该处以极刑；其他法官，有些态度尚不明朗。
梅汝璈根据两年来在审判过程中收集的日军暴行证据，坚持主张对南京大屠杀主犯松井石根、板垣征四郎、土肥原贤二、梅津美治郎、南次郎等侵华主犯判决死刑。在他的坚持下，松井石根、坂垣征四郎、土肥原贤二以及太平洋战争的主犯，以6：5的微弱差距被宣判处死。
然而许多被告人在确凿的证据面前，仍然拒绝认罪。他们的律师以“美日律师辩护团”的名义，要求法庭公布法官秘密会议情况。在法庭拒绝了他们的要求后，这些律师上书盟军总部，申请复审。经相关国家外交官讨论后，拒绝复审，麦克阿瑟驳回。
在两次失败后，这些律师策划让被告委托其辩护律师，向美国最高法院提出“上诉”。他们明知一国的法院无权干预国际法庭，仍上诉要求无罪释放。对这种超越自己权限的“上诉”，美国最高法院欣然接受，并通知麦克阿瑟将战犯送往美国。
消息一出，舆论哗然。
英国发表声明谴责，中国和荷兰的法官都进行了抗议，苏联斥责美国最高法院侵夺盟国权利，就连日本《朝日新闻》的社论也称美国“对这些战犯的包庇，是为了在以后让他们为美国用来反对和平”。
美国之所以这样冒天下之大不讳自然有其原因。
此时的世界格局已经走向冷战，在意识形态的对抗中，共产主义革命的危险比军国主义的复活更可怕和更难以容忍。因此，扶持具有反共传统的日本，符合美国战略利益的政治考量。在集团利益面前，所谓追究战争责任的审判也就显得并不那么重要了。
在这种考量下，天皇制得以保留、支持战争的财阀没有触动。
《东亚三国的近现代史》如此总结道：“东京审判侧重于日本对美英作战的罪行，而没有考虑日本把台湾、朝鲜变成殖民地的罪行。对‘慰安妇’制度等性暴力问题也没有从正面触及。至于731细菌部队及使用毒气的化学战的责任者，也以把技术资料交给美国为条件被免于追究责任。”
更让亚洲受害者无法接受的是，就在7名战犯处以绞刑后的第二天，法庭便以“罪证不足，免予起诉”为借口，先后分两批将剩下的42名日本甲级战犯全部释放。因此，1948年12月以后，远东国际军事法庭实际上已无事可做，各国法官只得回国，东京审判至此结束。