二十一1-14 耶稣在海边向门徒显现
有一些学者提出本章的作者另有其人，不过，没有任何的流传抄本是缺少本章的。虽然它似乎是作者后来写下的一章，它的原意是对应作者所写的序言。作者另有其人的说法难以成立，因为本章在风格和使用字词上，均与先前的记述类似。
门徒已经离开耶路撒冷，来到加利利。只有在本福音书中，加利利海被称为「提比哩亚海」。我们无需因为第2节提到7个门徒，而意图找出其特殊的象征意义。值得留意的是，此处没有提到西庇太两个儿子的名字，这其实符合了传统认为约翰就是本福音书作者的说法。本段记述和路加福音五章1至11节所记述的打鱼事件，有一些颇有趣的平行之处。约翰记述门徒折腾了一夜，竟无所得着，可能有其象征意义（属灵光景仍是黑暗），但更加可能的是，这又是作者目睹的另一件事。无论如何，其中必定有属灵的原则，因为耶稣的出现确实把他们的处境改变了。
令人感到惊讶的是，门徒竟然无法认出耶稣，这情况持续至他们遵从耶稣的吩咐，在船的右边下网（4-6节）。如果他们不晓得祂究竟是谁，为何又遵行祂的命令呢？也许他们白白劳碌了整夜后，便愿意作出任何尝试。不过，他们所捕获的鱼确是可观。主所爱的那门徒最先认出耶稣，但他所做的，却是赶紧告诉彼得，而个性急躁的彼得则很快奔向耶稣。
这事件让我们看见目击者所描绘的细节，特别是对所网之鱼的描述、离开岸边的距离（8节）、炭火烤鱼，以及耶稣吩咐门徒拿鱼给祂（9-10节）。准确记述捕获的鱼量也是一样，这表示他们数算鱼获的时候，有人在旁观看。虽然如此，不少学者尝试寻找本段加插这数字的原因。有人提出数学方程式的说法：153=1+2+3..17，又或将此事与喂饱五千人的神迹连在一起（5个饼加上12个篮子等于17）。可是，单纯的接受这数目就是捕获的鱼量，比接受这些说法来得简单直接。耶稣呼唤门徒一起来用餐，显示这只是平常的早餐（12节）。「第三次」（14节）指的是耶稣向这一群门徒显现的次数，第二十章记述了其它的显现。
二十一15-25 耶稣与彼得和约翰的谈话
彼得面对耶稣一连3次的挑战，似乎是与他3次的不认主遥遥呼应（15-19节）。3个问题中的用词各有不同。第三次问题中的「爱」（phileō）与彼得所回答的「爱」字是一样的，但却与前两次问题中的「爱」（agapaō）不一样。然而，这两个字在新约中许多时候是互相交替使用的，因此不应把它们视为具有特别的意义。彼得一连3次所领受的托付也各有不同。第一和第三个托付所用的字词是「喂养」，而第二个托付的用词是「牧养」，包括了所有牧养羊群的工夫。第一个托付所关怀的是「小羊」，第二和第三个托付所关怀的则是「羊」。这些区别在神学上没有甚么特别的意义。彼得第三次的回应是「忧愁」的（17节），这显然是因为他一连被主问了3次而感到难受。
事实上，彼得已经清楚获得耶稣的饶恕，并且领受了新的责任，虽然他曾经彻底否认主，他仍然获得使徒的职分，对于今天那些觉得否认主之后就无法获得赦免的基督徒来说，这实在是很大的鼓励和盼望。主只是呼唤我们悔改和爱祂。
根据传统的说法，第18节有关彼得的预言已经应验了，彼得被倒钉在十字架上。不过，这传统说法本身没有任何有力的支持，甚至可能是由本文推论出来的。论到彼得将以死来荣耀神，约翰的意思是指彼得将「跟从」耶稣的脚踪行（19节）。有些人将彼得「跟从」耶稣解释为二人在海边行走，其实此处「跟从」的真正意思是指委身服侍主。彼得问及约翰的将来，以及耶稣的回答，清楚告诉他不应多事，也似乎是为了纠正本福音书成书期间所流行的一些谣传。如果约翰在本福音书成书之后仍然活着（假设他就是本福音书的作者），有关他不死（23节）的谣言就必须澄清。
第24节应视为延续前面的经文。本节最自然的解释就是它暗示约翰就是本福音书的作者。因此，「我们也知道他的见证是真的」表示当时有人愿意证实主所爱的那门徒真正的身分。最后一节经文强调本福音书所记载的事件是经过选择的，同时也指出耶稣比本福音书所记述的祂更加伟大。