我国行政事业单位具有数量多、人员多、支出多的特点，以杭州市本级为例，纳入市级机关事业单位会计结算中心的行政单位151家，财政补助事业单位182家，财政适当补助和经费自理事业单位146家；2006年行政单位纳入部门预算的实际支出为28.82亿元，事业单位纳入部门预算的实际支出为34.60亿元，在地方财政中占有举足轻重的作用。随着市场经济体制的逐步建立，特别是2000年开始财政管理制度的重大改革，涉及到行政事业单位财务管理中一系列深层次矛盾的解决和多方面利益关系的调整，行政事业单位的财务管理逐步显现出了它的不适应性。
一、行政事业单位财务管理存在的问题
1.财务管理职能不清。由于存在“路径依赖”，传统的计划经济体制的影响
。
面平衡与否，很少对资金使用效能、用途的必要性进行考核。这直接导致行政事业单位一方面经费紧缺，另一方面资金的使用效率低下。
4.监督约束机制缺失。由于行政事业单位财务管理缺乏真正有效的监督制约机制，财会人员由单位领导任免，财会人员无法客观、有效进行财务监督。会计集中核算制度虽然对强化行政事业单位财务监督具有重要意义，但某种程度上使单位松懈了对内部的财务监督，将监督责任移给了会计核算中心。
5.财务人员素质不高。由于行政事业单位业务的特殊性，财会人员业务素质普遍不高。经对杭州市本级330多家事业单位的财务基本情况调查，大多数行政事业单位没有专职的会计人员，兼职会计人员无证上岗，会计岗位人员变动频繁、随意，会计人员业务能力差；有的财会人员根本不了解财务制度，对于财务报表的填报，习惯采取“倒轧”的方法，恶化了行政事业单位的财务状况。
二、加强行政事业单位财务管理的对策
1.明晰财务管理职能。采取措施避免行政事业单位的财务管理与会计核算职能相互重合，改变“重会计核算、轻财务管理”的的状况，以及行政单位的实行会计集中结算后，单位会计核算与财务管理的职能都转移结算中心的认识偏差。要加强宣传，进一步明确无论是否纳入会计集中结算，会计主体不变，财务管理的责任仍由单位自己承担的制度规定。
2.强化财务预算管理。财务部门应根据单位的特点，对支出结构进行科学的分析、预测和论证，搞好支出结构的优化设计。行政单位应改变忽视资金使用前的预测控制，资金使用单位不重视资金使用效益的状况。为此，各行政事业单位要扩大事业性支出的比重，相对减少用于管理等方面的消耗性开支。对消耗性支出，应认真分析研究其开支的必要性，规定最高消耗限额和加强各种消耗性支出的控制，使费用预算能够切实有效地执行。同时，采取措施，逐步象企业编制生产费用和成本预算一样，制定各项费用的消耗定额，彻底改变“寅吃卯粮”的状况。
3.发挥财务管理的核算与监督作用。充分发挥会计结算中心在行政事业单位财务管理中的作用，运用核算与监督方法，控制费用支出、平衡各部门经费支出。制定单位用款计划，核算系统实行会计和部门预算两维核算，彻底改变单位传统统收统支的习惯，建立“有指标才能使用资金，按照指标使用资金”的观念；强化单位内部相互监督的职能，制定以财务管理为中心的控制制度，定期进行内部审计；实行资金统一管理，贯彻资金收支两条线政策，执行单位民主理财、财务公开，接受群众监督。