相同点：
1. 都要求继续不停和迅速通过，不得对沿岸国的主权领土完整和政治独立使用武力或武力威胁。
2. 都必须遵守沿岸国的法律法规。
不同点：
1. 适用的范围不同
a) 过境通行适用于公海与专属经济区的一部分与公海和专属经济区的另一部分之间的用于国际航行的海峡；
b) 无害通过适用于领海。
2. 航行的主体不同
a) 过境通行制度适用于所有船舶，不论商船或军舰；而无害通过基本适用于商船，关于军舰的无害通过在国际上有争议
b) 过境通行既适用于船舶也适用于飞机，而无害通过仅适用于船舶，飞机没有无害通过的权利
c) 潜水艇在行使无害通过权时，必须露出水面航行并展示其旗帜，而在过境通行时没有此种限制，即可以在水下航行。
3. 是否可以被沿海国终止不同
a) 特殊情形下，沿海国可以终止外国船舶在本国领海的无害通过
b) 过境通行权不受沿海国的阻碍或中止。
过境通行与自由航行的比较：
不同点：
1. 适用范围不同：
过境通行适用于用于国际航行的海峡，而自由航行制度适用于公海和专属经济区；
2. 是否有限制不同：
1) 航行自由是指在不属于沿海国管辖的海域内船舶自由行动，可缓行、可停驶甚至可从事军事行动、它不仅包括在水面航行，而且包括对水体、海床洋底及其上空的使用权利。
2) 过境通行只限于以继续不停和迅速过境为目的而行使的航行和飞越自由，而不包括其它任何方面的活动和权利，并不得使用武力或武力威胁
3. 管辖国家和法律不同
行使过境通行权的外国船舶既受船旗国的管辖，也受海峡沿岸国法律的管辖；行使在公海的船舶一般只受船旗国的管辖。
过境通行是介于无害通过与航行自由之间的航行制度，它既保持了沿岸国的主权和管辖权，又使过境船舶和飞机享有更多的权利和自由。