学科建设
截至2012年12月，北医拥有3个国家一级重点学科，12个国家二级重点学科；64个博士学位授权点，71个硕士学位授权点 ，6个博士后流动站[6] 。
重点学科
国家一级重点学科：口腔医学、药学、生物学
国家二级重点学科：免疫学、病理学与病理生理学、内科学（肾病， 心血管病， 血液病）、儿科学、精神病与精神卫生学、皮肤病与性病学、外科学（骨外，泌尿外）、妇产科学、眼科学、肿瘤学、运动医学、流行病与卫生统计学
国家重点（培育）学科：儿少卫生与妇幼保健学
学位授权点
博士后流动站：口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、基础医学、临床医学、生物学 一级学科博士学位授权点：生物学、基础医学、药学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学
一级学科硕士学位授予权：基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、生物医学工程、中西医结合、生物学[11-12]
教学建设
截至2012年12月，北医共有全日制在校学生8134人，其中博士生2079人，硕士生2140人，本科生2904人，专科生587人，留学生424人；成人教育学生2356人；网络教育学生18706人。另外，博士后在站人数91人，2012年累计出站483人[6] 。
人民医院“德育为先能力为重 推进临床实践教学综合改革”项目获得2014年高等教育国家级教学成果奖获奖一等奖。柯杨等《以培养高层次应用型人才为目标的临床博士专业学位教育探索与实践》的成果和段丽萍等《以岗位胜任力为导向的医学专业学位教育改革与实践》的成果获首届“中国学位与研究生教育学会研究生教育成果奖”二等奖；《生物化学与分子生物学（第2版）》等五本教材入选第二批“十二五”普通高等教育本科国家级规划教材书目。
郝卫东荣获第十届北京市高等学校教学名师奖称号；人民医院获2013-2014年度北京高校德育工作先进集体；赵姗、陈娟、李颜、郭继鸿、张召锋获2013-2014年度北京高校优秀德育工作者；方爱珍、陈扬霖获2013-2014年度北京高校优秀辅导员。段丽萍获中国学位与研究生教育学会成立20年突出贡献奖[13] 。
国家级高等学校特色专业建设点：药学、临床医学（北大医院）、临床医学（人民医院）、口腔医学、预防医学
国家级高等学校实验教学示范中心：生物医学实验教学中心
国家级教学团队：生理学科创新人才培养教学团队、生物化学与分子生物学学科创新人才培养教学团队、口腔医学课程建设教学团队
国家级精品课：人体生理学、生物化学、病理学、病理生理学、药物化学、口腔正畸学、外科学、医学免疫学、神经生物学、麻醉与重症医学、眼科学、口腔颌面医学影像诊断学、人体解剖学、神经病学、流行病学、药理学、妇产科学、医学微生物学、儿童口腔医学
国家理科基础科学研究和教学人才培养基地：药学
国家级人才培养模式创新实验区：北京大学第二临床学院长学制创新性医学人才培养模式示范区