脉冲场凝胶电泳 - 高分子量DNA 琼脂糖凝胶块制备和加工
1.收集10ml 全血,加入30ml 裂解液。置冰浴中至少20min 直至红细胞完全溶解。
2.2000r/min离心10min ,移去红色上清液,再次用细胞裂解液洗涤细胞,然后用PBS 重悬细胞。
3.稀释悬液并取一小份用Neubauer 腔计数细胞。
4.用PBS 重悬细胞,以达到40μl PBS中含1百万个细胞比例(1百万个二倍体哺乳动物大约含有基因组DNA 10μg)
5.用PBS 配制2%浓度低熔点琼脂糖溶液并保持在50℃。
6.将等体积(各1ml )细胞悬液与琼脂糖溶液于室温下混匀,立即倒入凝胶块模具中。
7.静置20min 让琼脂糖固化,用无菌塑料杯(通常用作划菌)将凝胶块自模具中取出并置入蛋白酶缓冲液中,加入2mg/ml的蛋白酶K 。
8.将带有凝胶块的蛋白酶K 缓冲液于50℃保持2~3天。每个盛有50ml 蛋白酶缓冲液的Falcon 管可容纳多达100个凝胶块。
9.蛋白酶K 消化后,可将凝胶块保留在此缓冲液或0.5mol/L EDTA溶液中保存于4℃。
10. 此外,继续将凝胶块用高压消毒过的TE 缓冲液冲洗数遍的步骤。
11. 将凝胶块放入装有TE 及0.04mg/ml PMSF溶液的Falcon 试管中,灭活残留的蛋白酶K 。
12.室温下用TE 溶液漂洗凝胶块数次, 将凝胶块放入另一干净的试管,可直接用于酶切反应或用0.5mol/L EDTA,(pH8.0)4℃保存凝胶块。
13. 若用EDTA 保存凝胶块,取出后应用TE 溶液室温下漂洗30 min×2次。
脉冲场凝胶电泳 - 大小标准物的制备
λ多联体
1.以TE 缓冲液悬浮(Boehringer MA宝灵曼公司产品),浓度为4μg/40μl。
2.用等体积TE 配制的2%低熔点琼脂糖(温度保持在45℃)混匀。
3.移去混合液注入预冷的凝胶块模具中。
4.室温下用TE 及100 mmol/L NaCl溶液温育2天。
酵母染色体
1.从(酵母提取物,蛋白胨和葡萄糖)培养基瓶皿中挑选单一克隆加入10ml YPD预培养的肉汤中,30℃下剧烈震荡生长24小时,然后加入200ml YPD肉汤,剧烈振荡24~48h (产量大约100块)。
2.4000×g转速,离心10min ,然后用50mmol/L EDTA/10 mmol/L Tris-HCl(pH7.5)溶液悬浮。
3.仍以4000×g转速离心10min ,再用SCE 【1 mol/L 山梨醇,0.1mol/L枸椽酸钠,pH5.8及10 mmol/L EDTA (pH7.5)】溶液重悬。
4.取稀释后的细胞悬液用Neubauer 腔计数。
5.溶液短暂离心后,再用SCE 重悬细胞,使40μl SCE溶液中含5×107个细胞(相当于80μl体积的模块中含有5×107个细胞)。
6.溶液与0.1mg/ml100T 和100mmol/Lβ-巯基乙醇混匀,37℃保温15~30min 。
7.细胞悬液与等体积的SCE 配制的2%低熔点琼脂糖凝胶混匀,保持在50℃。
8.将混合物移注入预冷的凝胶块模具中。
9.凝胶块用含10 mmol/L二硫苏糖醇的SCE 溶液37℃下振荡温育1~2小时。
10. 将凝胶块移入蛋白酶缓冲液中,加入2mg/ml蛋白酶K ,50℃温育48h 。
11.用50 mmol/L EDTA/10 mmol/L Tris-HCl(pH7.5)溶液洗涤凝胶块3次,每次20min 。
12. 凝胶块可用此混合液于4℃保存或不用漂洗直接装载入凝胶中。 脉冲场凝胶电泳 - 琼脂糖凝胶块中DNA 的限制性内切酶消化
1.应使用消毒溶液及戴无菌手套以免降解。
2.在Falcon 试管中用1×TE溶液漂洗凝胶块20min 3次,以去除EDTA 。
3.混合:酶反应缓冲液(高、中或低盐缓冲液),100mmol/L亚精胺(只用于高盐缓冲液状态),10~20单位的内切酶。20单位的内切酶就足以过夜完全消化10μg DNA。
4.设立一个除内切酶成分外含有混合物各组分的阴性对照,以检查是否有非特异性DNA 降解。
5.将琼脂糖凝胶块加入反应混合溶液中:通常用消毒过的手术刀或套环将凝胶块移入。
6.若两种内切酶所需缓冲液条件一致,可以同时或先后用两种不同的酶进行消化(先用低盐缓冲液的酶消化,再调整盐浓度)。倘若首
次消化的酶要求50℃条件,在第二个酶消化时要换缓冲液。
7.若要进行部分消化,则首先在同一温度和反应时间用1:10稀释的酶进行尝试。
脉冲场凝胶电泳 - 凝胶电泳
1. 将0.8%的琼脂糖在0.25×TBE中熔化后冷却至50~60℃,立即注入凝胶框架中,并插入梳子。
2. 凝胶固化后小心地拔出齿梳,用2把无菌手术刀将DNA 凝胶块上样。若用不同内切酶消化凝胶块,则取不同样品时应将手术刀片烧灼后冷却。将DNA 大小标志物上样至凝胶的两旁。
3.用1%液态低熔点琼脂糖凝胶(0.25×TBE配制)密封狭槽。
4.若有气泡存在,用注射器驱赶气泡。
5.一旦密封的低熔点琼脂糖已固化(大约10min ),可将凝胶搁入腔室,并用电泳缓冲液覆盖过胶面。
6.应设定合适的电压及转换时间(参考《分子医学技术》84页表
8.1)并开始电泳。两个不同电泳方向的电流应相等。
7.电泳结束后,凝胶用0.25×TBE配制成的EB (0.4μg/ml)染色。
8.用泵自槽中排除缓冲液,续以双蒸水冲洗电泳槽。
9.凝胶成像:DNA 在曝光的过程中可能会形成缺口。
10.用0.25mol/L HCl漂洗凝胶30min ,让DNA 脱嘌呤,并有利于转移。
11. 凝胶用碱(变性溶液中)变性20min ,两次,续以中性溶液1~5min 。
12. 采用标准Southern 印迹方案将DNA 转印至尼龙膜上。一般来说,印迹PFGE 凝胶的时间较普通凝胶印迹时间长(约48h )。