多为亚急性病程，少数为慢性起病。
一、一般全身症状
真菌性脑膜炎
1、早期出现轻至中度发热等感染现象，晚期表现为高热。
2、颈项强直、克氏征阳性等脑膜刺激征。
3、头痛、恶心、呕吐、视神经乳头水肿等颅内压力增高表现。晚期头痛剧烈，甚至出现抽搐、去大脑性强直发作和脑疝等。
二、神经系统症状
1、多颅神经受损症状：视神经受损时出现视力低下甚至失明，其它动眼、外展、面及听神经也常易受累而出现相应的神经受损症状和体征。
2、脑受损症状：当病变波及脑实质或/和形成脑内肉芽肿时，临床上可出现嗜睡、烦躁不安、谵妄等精神症状和瘫痪等局灶性定位体征，并可伴有智能障碍和意识障碍，严重者进入昏迷状态。
三、双重或多重感染症状此类病人多因体质较弱、营养较差和免疫功能下降，常可同时伴发其他菌种的新感染或体内既往潜在的菌种感染复发，常见的有结核和/或弓形虫病等的伴发，促使病情更趋严重复杂和临床表现上的多样化，甚至可成为病人的死亡重要原因，值得注意和及时加以确定。