当前，许多增值税一般纳税人对如何开具免税农产品发票还不是很清楚，从而造成一些不必要的税务风险。
《增值税暂行条例》第二十一条及《增值税专用发票使用规定》第十条规定，增值税一般纳税人销售免税农产品，不得开具增值税专用发票（法律、法规及国家税务总局另有规定的除外）。这意味着其只能开具普通发票。其次，纳入增值税防控税控一机多票系统的一般纳税人，销售免税农产品开具增值税普通发票时，由于免除了销项税额，故只能填写金额栏，不能填写税额栏，也就是必须按买价填写金额栏。不然的话，会误导购买方直接按增值税普通发票上注明的税额抵扣进项税额，即按农产品含税买价和13%的扣除率计算抵扣进项税额，从而少抵扣增值税。
风险一：一般纳税人销售免税农产品违反规定开具增值税专用发票的，按照《国家税务总局关于加强免征增值税货物专用发票管理的通知》（国税函[2005]780号）规定，对其开具的销售额依照增值税使用率全额征收增值税，不得抵扣进项税额。
风险二：一般纳税人销售免税农产品违反规定开具增值税专用发票，属于应当开具而未开具普通发票，“一机多票”系统的一般纳税人销售免税农产品开具价税分离的增值税普通发票，属于未按照规定的栏目开具发票，按照《发票管理办法》第三十五条的规定予以处罚，也就是由税务机关责令改正，可以处1万元以下的罚款；有违法所得的予以没收。