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《财政部、国家税务总局〈关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定〉的通知》(财税[2000]091号)规定，（实行查账征收的合伙企业）投资者应纳的个人所得税税款，按年计算，分月或者分季预缴，由投资者在每月或者每季度终了后7日内预缴，年度终了后3个月内汇算清缴，多退少补。企业在年度中间合并、分立、终止时，投资者应当在停止生产经营之日起60日内，向主管税务机关办理当期个人所得税汇算清缴。企业在纳税年度的中间开业，或者由于合并、关闭等原因，使该纳税年度的实际经营期不足12个月的，应当以其实际经营期为一个纳税年度。
合伙企业每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为合伙企业的生产经营所得。合伙企业的投资者按照合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例确定每一个投资者的应纳税所得额（没有约定分配比例的，以全部应纳税所得额和合伙人数平均计算每个投资者的应纳税所得额），据此计算每个投资者应承担的应纳税所得额。比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
个体工商户生产经营所得税率是按年计征的，那么，要将计算出的所得额换算成年所得，然后计算年应纳税额，然后再换算预缴税款。
假如全年经营，第一个月计算出的所得额是1，那么换算成全年所得为12，按12寻找税率。假如计算出的年应纳税额为A，那么应当预缴个人所得税为：A/12。
然后第二个月末计算出1-2月的所得额是3，那么换算成全年所得为18，按18寻找税率。假如计算出的年应纳税额为B，那么应当预缴个人所得税为：B/6-A/12
然后第三个月末你计算出的1-3月的所额是5，那么换算成全年所得为20，按20寻找税率，假如计算出的年应纳税额为C，那么你应当预缴个人所得税为C/4-B/6-A/12
以此类推。
计算每一笔税款，和当期所得、全年换算所得、全年换算税款、当期应纳税款、已预缴税款都有关系，年终多退少补。
举例：张三和王五二人成立A合伙企业，并约定合张三、王五分别按60%、40%的比例分配合伙企业的全部