首先纠正网上的说法，小龙虾确实不是龙虾，但不能说它是虫子。
这里姑且认为你说的虫子是昆虫的意思。
昆虫属于：
节肢动物门—昆虫纲
小龙虾是：
节肢动物门—甲壳动物亚门—软甲纲—十足目—螯虾科
而龙虾是：
节肢动物门—甲壳动物亚门—软甲纲—十足目—龙虾科
所以小龙虾不是昆虫，它也是虾，只不过不是龙虾科而已。所以它和龙虾外形相近没什么不科学的，同目不同科而已。
至于两种生物基因关系很远，但是样子却很相似，大概有两种原因：
趋同进化的结果：主要是两种生物生存在相同环境下，容易产生相似的功能结构而已。主要的目的都一样，就是适应环境并生存下去。只是环境的相似，导致他们结构的相近。
拟态的结果：伪装成另一种生物进行捕食，或者躲避天敌。
趋同进化和夫妻相是一样的，夫妻生活在一起久了，因为相同的饮食和作息习惯，外表容易越来越像。
下面举几个例子：
趋同进化：
鱼龙：
看起来是鱼，但是人家是不折不扣的爬行动物呢。
黑格兽：
我是有蹄目哦，但是人家已经灭绝好久了呢，不过差不多就是羊类似的东东啦。不过听说流行卖萌啊，所以我长得和兔子一样可爱呢。
另外就是海豚君和鲸鱼君啦，身为哺乳动物，却和鱼一样，都是生活所迫，为了生存呐。
拟态：
蚁蛛：
虽然是蜘蛛，但是却和蚂蚁一样，就是伪装成蚂蚁，然后捕食蚂蚁啊喂。
还有一些会伪装成自己家族里面厉害的家伙，来保护自己，狐假虎威。
像一些无毒的蛇啊、青蛙啊，就会让自己色彩鲜艳，让天敌看起来很不好惹的样子，进而躲过一劫。我就不贴图啦。。。
好了，给大家看一个我见过的伪装最漂亮的生物—兰花螳螂。
兰花螳螂：
兰花螳螂为了捕食，伪装的比兰花都要漂亮。虽然略有跑题，但还是拿出来给大家看一下。
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下面有很多人提到“虫子”的概念，认为龙虾被当做虫子也没有问题，所以特意说一下。
虫子：并不是一个严格的生物学概念，而是人们的一般认知。
日常人们认为的虫子不仅仅是昆虫纲的生物，也包括蜘蛛这样的非昆虫纲生物。
上面的回答为了方便，说的是狭义的“虫子”，即昆虫。因此是将虫子的范围缩小了，而不是把非昆虫划入到昆虫纲里。
但是不能因为虫子没有严格的定义，就将龙虾也当做虫子。因为普遍来讲，没有人把龙虾当做虫子。不过据说英国人不吃螃蟹，把螃蟹当做蜘蛛一样的存在，不知道是不是真的。所以这和文化也有关系。
可是到底哪些生物被当做虫子，哪些不是呢？
没人去给一个相对准确的定义，所以下面是我个人的看法……
昆虫纲的绝大部分生物都被看作是虫子，也有例外；
虫子的特点：基本都是无脊椎动物且体型较小；
满足 2 的情况下，不好吃的是虫子，也有例外；好吃的是上天的恩赐，比如虾、蛤、鱿鱼；
例外就是：长得特别好看。
以上纯属扯淡。
不给赞，就把题主干掉。