由于急性肾盂肾炎超过6个月未治愈即转变为慢性，故应早期彻底治疗；由于慢性肾盂肾炎反复发作，致使肾脏中炎症和修复过程交替进行，结缔组织增生和瘢痕形成，使得局部血运差，抗生素不易进入病灶；局部引流不畅，致病菌难以清除，因此炎症难控制，受损的肾组织不易修复。而受损肾组织在恢复之前，也是引起反复感染的一个重要因素。因而慢性肾盂肾炎治疗的重点为尽快消灭致病菌，促使受损肾组织尽快恢复。同时积极寻找易感因素，并消除或避免，如尿路结石、畸形、前列腺增生、盆腔及外阴部的感染灶等；是抗菌治疗有效的前提。抗菌治疗的原则如下：
1、应针对致病菌及药敏选择有效药物，应审慎筛选药物，观察疗效。定期作尿细菌培养和菌落计数，并针对药敏试验的结果来选择最敏感的抗生素。对于有尿路梗阻及感染原因（如尿路结石、膀胱颈梗阻、盆腔感染等）者，应及时排除并针对病因治疗。
2、由于治病菌较为顽固，一般抗菌药物多采用联合用药方法，如SMZ＋TMP，呋喃旦啶加庆大霉素，亦可选用氟哌酸、羧苄青霉素、妥布霉素、先锋必等，疗程一般为两周，间隔5-7天后再进行下一疗程。直至尿常规及培养阴转时为止。有时总计疗程需时2-4个月。疗程一定要足够，如不能足疗程的治疗，即使原治疗有效果但不能彻底清除病原菌，同时也培养了耐药菌，使致病菌得残存，一旦条件适合，即又复发，病情迁延。因此慢性肾盂肾炎急性发作时，按急性肾盂肾炎的治疗原则用药，总疗程不少于四周。当所有临床症状被控制后，可停药观察，每月复查尿常规和尿培养，一般为6个月左右。在抗菌疗法无效时，可用抑菌疗法。具体方法：每晚睡前排空膀胱后服复方新诺明2片（或呋喃旦啶0.1g；萘啶酸0.5g；氟哌酸0.2g )连续3－6个月，约60％患者尿培养可阴转。此法费时长，应注意药物的毒副作用。