分类噬菌体的种类很多，但始终没有可以普遍应用的分类标准来确定噬菌体的科、属界限和命名规则。1976年国际病毒分类委员会发表“病毒的分类与命名”第二次报告，才将噬菌体分为8科,1979年的第三次报告和1982年第四次报告改分为10科，各科名称和特点如下： 肌病毒科具有正多面体或长的头和尾以及可收缩尾鞘的复合形态的噬菌体，核酸为线型双链DNA(dsDNA)。T2、T4噬菌体(见彩图)为代表种。
长尾病毒科具有正多面体的头和长尾，但无可收缩的尾鞘，核酸为线型dsDNA，λ、T5 噬菌体为代表种。
短尾病毒科具有正多面体的头和长约20纳米的短尾，核酸为线型dsDNA，T7、P22噬菌体为代表种。
被脂病毒科毒粒直径约60纳米的正二十面体，多角顶有刷状刺突，无尾，衣壳分内外两层，两层之间为脂质，核酸为环型dsDNA，PM2噬菌体为代表种。