国库单一账户体系由下列银行账户构成：
（1）财政部开设的国库存款账户（简称国库单一账户）。
（2）财政部开设的零余额账户（简称财政部零余额账户）和财政部为预算单位开设的零余额账户（简称预算单位零余额账户）。
（3）财政部开设的预算外资金财政专户（简称预算外资金专户）。
（4）财政部为预算单位开设的小额现金账户（简称小额现金账户）。
（5）经国务院或国务院授权财政部批准预算单位开设的特殊专户（简称特设专户）。
财政部是管理国库单一账户体系的职能部门，任何单位不得擅自设立、变更或撤销国库单一账户体系中的各类银行账户。中国人民银行按照有关规定，应加强对国库单一账户和代理银行的管理监督。这里所指的代理银行，是指财政国库管理制度改革试点中，由财政部确定的、具体办理财政性资金支付业务的商业银行。
单位最常使用的、最重要的账户为：“财政零余额账户”和“单位零余额账户” 财政零余额账户，是基本户的一种特殊形式，只适用于国家行政事业单位财政资金的划拨、来往使用。因其每天余额保持为零而得名。
资金支出时流经的次序是：资金从国库存款账户进入零余额账户或者财政专户，再从零余额账户和财政专户支付到供应商收款账户
财政直接支付各单位的预算内资金就是通过“财政零余额账户”进行核算支付的。该账户不得提取现金。
财政直接支付，即预算单位按照批复的部门预算和资金使用计划，向财政国库支付执行机构提出支付申请，财政国库支付执行机构根据批复的部门预算和资金使用计划及相关要求对支付申请审核无误后，向代理银行发出支付令，并通知中国人民银行国库部门，通过代理银行进入银行清算系统实时清算，财政资金从国库单一账户划拨到收款人的银行账户。财政直接支付通过财政零余额账户与国库单一账户实现支付。实行财政直接支付的支出主要包括工资支出、购买支出以及转移支出。该账户每日发生的支付，于当日营业终了前与国库单一账户清算；营业中单笔支付额5000万元人民币以上的（含5000万元），应当及时与国库单一账户清算。财政部门零余额账户在国库会计中使用，行政单位和事业单位会计中不设置该账户。
财政授权支付是通过“单位零余额账户”进行核算支付的。该账户可提取现金。
财政授权支付，即预算单位按照批复的部门预算和资金使用计划，向国库支付执行机构申请授权支付的月度用款限额，国库支付执行机构将批准后的限额通知代理银行和预算单位，并通知中国人民银行国库部门，预算单位在月度用款限额内自行开具支付令，通过国库支付执行机构转由代理银行向收款人付款，并与国库单一账户清算。财政授权支付是通过预算单位零余额账户和小额现金账户与国库单一账户实现支付。实行财政授权支付的支出包括未实行财政直接支付的购买支出和零星支出
该账户每日发生的支付，于当日营业终了前由代理银行在财政部门批准的用款额度内与国库单一账户清算；营业中单笔支付额5000万元人民币以上的（含5000万元），
应当及时与国库单一账户清算。预算单位零余额账户可以办理转账、提取现金等结算业务，可以向本单位按账户管理规定保留的相应账户划拨工会经费、住房公积金及提租补贴，以及经财政部门批准的特殊款项，不得违反规定向本单位其他账户和上级主管单位、所属下级单位账户划拨资金。
预算单位零余额账户在行政单位和事业单位会计中使用。
国库单一账户是在人民银行开设的国库存款账户，它与财政零余额账户、单位预算内零余额账户和特设专户进行清算，实现财政国库集中支付。