达尔文的进化论已成为当代生物学的核心思想。达尔文的进化论以天择说和地择说为理论基石。达尔文晚年又加入性择，有别于天择，以强调交配竞争对于演化的重要性。
天择指生物的遗传特征在自然环境的限制下，物种在生存竞争中，若某种特征性状具有优势或劣势，劣势者不利于生存而被环境淘汰，优势者得以繁殖而将优势性状遗传后代。这就是所谓“物竞天择，适者生存”。
进化论
地择说则说明了同一物种受到地形障碍分隔，比如地壳大陆移动或海洋隔开的岛屿，在够长时间之后，物种产生了性状特征的差异。然而，随着科技的进步，达尔文进化论也不断受到质疑，甚至很多人认为该理论是有重大缺陷的。
进化论曾经有很多种不同版本，达尔文的进化论仅是其中一种，而且甚至都算不上开山鼻祖。比如拉马克就比达尔文还早提出生物是逐渐演化成现今模样而非因为是神创而一成不变。
达尔文与他的进化论
达尔文进化论最大的一个漏洞就是“寒武纪生命大爆发”：在寒武纪之前的地层中，只发现了简单的原核生物，但紧接着在短短2000万年之内，地球上同时蹦出了一系列与现代动物形态基本相同的动物，连达尔文自己都觉得无法自圆其说。
而近期，古生物学更是有了惊人的发现，据最新一项古生物学研究报告，一个国际研究小组在中国陕西省发现了5.4亿年前海洋动物化石，且化石保存完好。科学家认为，该研究提示几亿年前的生物已经多种多样。
《自然》杂志今年一月刊登的研究报告描述，科学家在中国陕西发现“保存得非常完好”的寒武纪最早期动物化石。该动物属于微型海洋生物，已被命名为Saccorhytus，长约1毫米，像一粒黑麦，身体只有一个大开口，推测其消化和排泄都使用这一个口。
进化论
科学家注意到其身体表面覆盖一层薄薄的皮肤和肌肉，所以推测它是一种蠕虫，靠肌肉的蠕动在海底活动。而且其身体有八个小孔，推测为类似鳃的器官，起到排出身体水分的作用。
而该微型后口动物属于寒武纪时期的生物，引起科学家关注寒武纪物种大爆发现象。该时代，物种数量出现爆炸似增多，这是达尔文进化论无法解释的，因此进化论学者对此生物学现象尽可能回避。
牛津大学的古生物学家伊姆兰？拉曼评论说：“分子进化钟所做的理论预测（物种数量）和实际化石记录之间存在一道巨大的鸿沟。”而这项微型后口动物的化石研究结果说明，几亿年前的远古生物早已多种多样。
寒武纪生物大爆炸
事实上，达尔文对自己所提出的进化论也有很多无法解释的地方，而且后人也提出了很多新学说来对达尔文的进化论进行修正。然而，随着科学发现的不断加深，进化论面对的问题也越来越多，该理论最终将向哪个方向发展，成为人们十分关心的一点。