根据近日发布的《水污染防治行动计划》，2020年底前，现有城镇污水处理设施要因地制宜进行改造，达到相应排放标准或再生利用要求；到2020年，全国所有县城和重点镇具备污水收集处理能力，县城、城市污水处理率分别达到85%、95%左右。
近年来，随着生态县建设的推进，不仅各县建成污水处理厂，各镇的污水处理厂也纷纷上马，但是一些中小型污水处理厂还存在不少问题。
一是污水收集管网不配套，与污水处理设施没有同步设计、同步建设、同步投运，甚至有些乡镇污水处理厂已建成多年，污水管网建设还是零基础。
二是运行维护经费无着落。乡镇生活污水处理厂在初期建设时大都由上级政府出资，建成后的运行管理费用由地方自筹。目前，除了少数县将运行管护经费纳入财政预算外，在很多地区，由于管网覆盖率低、污水处理费用有限，不能满足污水处理厂正常运行的需要，导致污水处理设施常年“晒太阳”。
三是少数地方政府部门不敢担责、相互推诿，主要原因是乡镇污水处理厂建设运行资金需求多、管理难度大。由于这些问题的存在，使得很多地区污水处理效率大打折扣。
乡镇污水处理厂是控制污水排放、促进水生态系统良性循环的最后一道关口，污水处理厂运营难题必须加快解决。
第一，坚持问题导向，规划科学化。各级政府要根据《水污染防治行动计划》，增强新常态下做好水污染防治工作的紧迫感，以目标倒逼责任，以时间倒逼进度，以规划倒逼改革。住建部门应会同环保、发改等部门按照生态系统良性循环的要求，牵头编制污水处理厂、污水管网、污泥、再生水利用的统筹规划。确定每个乡镇污水处理厂的建设规模、治理工艺，确定分阶段治理污水的村庄，确定管网布局、管径、长度、标高等指标，确定分年度污水治理实施工程计划和投资计划。逐步将需要研究解决的问题由宏观到微观、由空间布局到点位落实，以有效指导具体的工作。
此外，为防止乡镇污水处理厂产生的污泥量急剧增多造成二次污染，必须督促乡镇同步编制污泥处置专项规划，推进污泥稳定化、无害化和资源化处理处置。
第二，坚持市场驱动，运营规范化。要让政府有形之手和市场无形之手在污水防治上共同发力。一方面，研究制定城镇污水处理收费政策。各级政府及物价、住建、财政等部门要共同研究制定城镇污水处理收费政策，指导各地建立与乡镇经济社会发展水平相适应的污水处理收费制度。在建有污水处理厂的乡镇范围内，对向污水处理厂管网排放污水的用户，适时适度征收污水处理费。各地要结合自身实际，逐步将乡镇污水处理费标准调整到保本微利水平；调整不到位的，政府财政要给予补贴。
另一方面，探索市场化运行机制。稳定财政投资渠道，充分利用商业融资以及BOT、TOT等市场方式筹集资金。
当前，乡镇污水处理厂运行可采用以下3种模式：一是由县政府组建水务集团，统一负责城镇、农村地区自来水供应和乡镇污水处理厂的运行维护工作。二是由县政府组建城乡污水处理设施运营公司，负责城镇、农村生活污水处理设施的运行和维护。三是由县政府或住建部门聘请具有环境污染治理设施运营资质的公司，统一管理农村生活污水处理设施。
第三，坚持依法监督，管理多元化。各级环保部门要增加对污水处理厂的监督、监测频次，对进出水的水质、水量和污泥进行监测，对污染源在线监控装置的运营情况进行数据核查。发现企业弄虚作假、调低数据或私设排污暗管偷排，要按照新《环境保护法》进行严厉处罚，并将污水处理厂的监测信息向社会公开。
住建部门对符合法定条件的排水户，核发污水排入排水管网许可证。对故意停运相关设施、违法超标排污的，要依法从重从严处理。对于谎报实际运行数据以及制造虚假数据的污水处理厂，要求其限期整改；对情节严重、造成重大社会影响或严重经济损失的，要对主要责任人依法追究责任；构成犯罪的，依法追究刑事责任。对市场化运行的污水处理厂，住建部门应当依法与运营单位签订维护运营合同，根据环境监测部门对城镇污水处理设施出水水质和水量的监督检查结果，核定城镇污水处理设施的运营服务费。