为了避免工程承包合同签订过程中出现问题，减少因工程承包合同签订过程中可能带来的损失，审计人员应对工程合同进行必要的审计。通过审计可以达到以下几个目的：
1、将合同文本中的各个组成部分分解开来，逐条研究各项条款的合理性和可行性，对涉及工程技术尤其是影响到切身利益的条款要逐字逐句理解，并审计合同条款的表达是否清楚，如有含糊不清之处则要向合同当事人双方指出。
2、审计合同内容的完整性。用标准的合同文本来对照该合同文本，审计是否缺少一些必要的合同条文。
3、审计合同的合法性。通过审计可以分析评价每一个合同条文执行后的法律后果将会给承包商带来的风险，为报价策略的制定提供基础资料，为合同谈判和签订合同提供决策依据。
4、通过审计，可以发现合同条款之间的矛盾性，既不同条款对同一具体问题的规定或要求不相一致；还可以发现对承包商不利或有害的条款，如单方不平等条约等；另外还能发现一些隐含着较大风险和内容含糊不清，或自己所不能理解的条款。
一般情况下，建设工程合同审计项目的确定主要依据招标单位提供的招标文件中所附工程合同的有关条款。在国际工程招标中，工程合同通常都有固定的文本，除具体的合同条款根据具体的工程项目而定外，其格式基本相同。但在确定审计项目过程中，应结合具体的工程项目的性质、特点以及工程项目所在地的自然黄金和地理条件以及工程项目的技术要求来实施具体的审计。审计中，要结合招标文件中有关技术规范、施工图纸、工程量清单以及其他有关技术资料的要求，根据以往的经验确定审计重点。审计时，应侧重审计合同合同双方的权利和义务是否明确，合同条款的完整性和严谨性，合同条款与招标文件以及其他技术资料之间是否叙述一致，有无相互矛盾或故意作假的现象，合同的合法性和有效性等。对合同的设计是整个投标过程中不可逾越的重要的基础工作，一定要做过细的工作，参加审计的人员必须具备一定的工作经验。