稻种有稃壳保护，比较耐贮藏，只要做到适时收获，及时干燥，控制种温和水分，注意防虫等工作，一般均可达到安全贮藏的目的。
1. 适时收获，及时干燥，冷却入库，防止混杂
稻种成熟阶段正是农忙季节，有时因为工作安排上的困难，或没有掌握品种成熟特性而将种子过早或过迟收获。过早收获的种子成熟度差，瘦瘪粒多不耐贮藏。过迟收获的种子，在田间日晒夜露呼吸作用消耗营养物质多，有时种子会在穗上发芽，这样的种子同样不耐贮藏。所以，收获时必须充分了解品种的成熟特性，做到适时收获。
未经干燥的稻种堆放时间不宜过长，否则种子发热或萌动甚至发芽会影响种子的贮藏品质。一般在早晨收获的稻种，即使是晴朗天气由于受朝露影响，种子水分可达28%～30%，午后收获的稻种在25%左右。因此，种子脱粒后，立即进行曝晒，只要在平均种温能达到40℃以上的烈日下，经过2～3天曝晒即可达到安全水分标准。曝晒时如果阳光强烈，要多加翻动，以防受热不匀，发生爆腰现象，水泥晒场尤应注意。早晨出晒不宜过早，事先还应预热场地，否则由于场地与受热种子温差大发生水分转移，影响干燥效果；这种情况对于摊晒过厚的种子更为明显。机械烘干温度不能过高，以免灼伤种子。
如果遇到阴雨天气，应采用薄摊勤翻，鼓风去湿，加温干燥，药物拌种等方法迅速将种子水分降下来。加温干燥的种温不宜超过43℃，否则会影响种子的发芽力。药物拌种是一种应急措施，将药物拌入湿种子内可抑制种子的呼吸作用，在短期内能预防种子发热和生霉。试验表明：含水量为28%的籼稻种子5000kg均匀拌入丙酸4kg，在通气条件下可保存6天，在6天之内能将种子干燥，基本上不影响发芽率。用0.5kg漂白粉拌在500kg稻种内，可得到同样效果。如果用在其他种子上，要适当降低药量或事先经过试验。
经过高温曝晒或加温干燥的种子，应待其冷却后才能人库。否则，种子内部温度过高会发生“干热”现象，时间过长引起种子内部物质变性而影响发芽率。热种子遇到冷地面还可引起结露现象。
水稻种子品种繁多，有时在一块晒场上同时要晒几个品种，如稍有疏忽，容易造成品种混杂，因此种子在出晒前，必须清理晒场，扫除垃圾和其他品种种子。出晒后，应在场地上标明品种名称，以防差错。入库时要按品种有次序地分类堆放。
2. 控制种子水分和温度
水稻种子水分含量直接关系到稻种在贮藏期内的安危状况。试验证明，种子水分降低到6%左右，温度在0℃左右，可以长期贮藏而不影响发芽率。水分为13%的稻种可安全度过高温夏季。水分超过14%的稻种，到第二年6月份发芽率会有下降，到9月份则降至40%以下，而水分为12%以下的稻种，可保存3年，发芽率可达到80%以上。水分在15%以上，贮藏到翌年8月份以后，种子发芽率几乎全部丧失。然而稻种水分对发芽率的影响，往往与贮藏温度密切相关。贮藏温度20℃，水分10%的稻种可保存5年，发芽率仍在90%以上。温度在28℃，水分为15.6%～16.5%的稻种，贮藏1个月便会生霉。因此，种子水分应根据贮藏温度不同加以控制。在生产上，一般对早稻种子的入库水分应严格掌握，这是因为早稻种子须经过高温的夏季，而且曝晒条件较好，种子容易降低水分。对晚稻种子，尤其是晚粳稻种子的入库水分，可适当放宽一些，这是根据晚稻种子入库时气温较低，干燥条件比较困难，粳稻种子水分又不易降低等具体情况而放宽的，但是种子水分不能放得过宽，以免发热和生霉现象。晚稻种子的水分，一般不能超过15%，而且还须在晴朗天气进行翻晒降水。总之，须经过高温季节贮藏的稻种，水分必须严格控制，进入低温季节的稻种，水分可适当放宽一些。通常是温度为30℃～35℃时，种子水分应掌握在13%以下；温度在20℃～25℃，种子水分应掌握在14%以内；温度在 10℃～15℃，水分可放宽到15%～16%；温度在 5℃以下，水分则可放宽到17%。但是，16%～17%水分的稻种只能作暂时贮藏，应抓紧时间进行翻晒降水，以防高水分种子在低温条件下发生霉变。
3.治虫防霉
3.1治虫 我国水稻主产地区的特点是高温多湿，仓虫容易滋生。仓虫通常在稻谷入仓前已经潜伏在种子内，如贮藏期间条件适宜，就会迅速大量繁殖，造成极大损害。仓虫对稻谷为害的严重性，一方面决定于仓虫的破坏性，同时也随仓虫繁殖力的强弱而不同。一般情况下，每kg稻谷中有玉米象20头以上时，就能引起种温上升，每kg内超过 50头时，种温上升更为明显。单纯由于仓虫为害而引起的发热，种温一般不超过35℃，由于谷蠹为害而引起的发热，则种温可高达42℃。水稻种子主要的害虫有玉米象、米象、谷蠹、麦蛾、谷盗等。仓虫大量繁殖，除引起贮藏稻谷的发热外，还能剥蚀稻谷的皮层和胚部，使稻谷完全失去种用价值，同时降低酶的活性和维生素含量，并使蛋白质及其他有机营养物质遭受严重损耗。仓内害虫可用药剂熏杀，目前常用的杀虫药剂有磷化铝，另外，还可用防虫磷防护。
3.2防霉 种子上寄附的微生物种类较多，但是危害贮藏种子的主要是真菌中的曲霉和青霉。温度降至18℃时，大多数霉菌的活动才会受到抑制。只有当相对湿度低于65%，种子水分低于13.5%时，霉菌才会受到抑制。霉菌对空气的要求不一，有好气性和嫌气性等不同类型，虽然采用密闭贮藏法对抑制好气性霉菌有一定效果，但对能在缺氧条件下生长活动的霉菌，如白曲霉、毛霉之类则无效，所以密闭贮藏必须在稻谷充分干燥、空气相对湿度较低的前提下，才能起到抑制霉菌的作用。
4.稻种入库后的管理重点
4.1做好早稻种子的降温工作 新入库的早稻种子种温较高，生理活动较强，所以贮藏前期稳定性较差。且稻种入库一般又在立秋以后，白天气温较高，夜间气温下降，形成明显的昼夜温差，影响到仓温和上层种子，以至造成上层种子水分增加。因此，在入库后的2～3周内须加强检查，并做好通风降温工作。在傍晚打开门窗通风，经常翻动面层种子，以利于堆内热量散发。
4.2做好晚稻种子的降水工作 晚稻种子的干燥受气候条件限制，入库后已进入冬季低温阶段，所以一般对种子入库水分要求不是十分严格。由于种子水分偏高，会引起某些低温性霉菌的为害以至影响发芽率，这是造成晚稻种子发芽率下降的主要原因。因此，晚稻种子入库时同样要严格控制水分，超过16%水分的种子不能入库。即使已经入库的种子必须做好降水工作，把水分降到13%以下。水分超过15%的晚稻种子应在2～3周内设法将水分降低，否则在第二年播种时，难以保证发芽率。
4.3做好“春防面，夏防底”的工作 “春防面，夏防底”是指春季要预防面层种子结露，夏季要预防底层种子霉烂。经过冬季贮藏的稻种，温度已经降到很低，由于种子本身导热性较差，使这种低温要延续很长一段时间。当春季气温回升时，种温与气温形成较大的温差，如果暖空气接触到冷种子，便会在表层种子发生结露现象，使这层种子增加水分，并且会逐渐向下延伸。种堆越大，上层的结露现象越是明显。所以，开春前要做好门窗密闭工作，尽可能预防潮湿的暖空气进入仓内。对于水分低于13%，温度又在15℃以下的稻种，可采用压盖密闭法贮藏，既可预防上层种子结露，又可延长低温时间，有利于稻种安全过夏。到了夏季，地坪和底层温度还是较低，湿热扩散现象使底层稻种水分升高，易使底层种子霉烂。
5.稻种少量贮藏
对于数量不多的稻种，可以采用干燥剂密闭贮藏法。通常用的干燥剂有生石灰、氯化钙、硅胶等。氯化钙、硅胶的价格较贵，但吸湿后可以烘干再用。生石灰比较经济，适用于广大专业户。种子存放前须选择小口，内外涂釉的缸、坛、瓮，无缝、不漏气、不渗水的才能使用。先在存器底层铺上生石灰，再装人种子，然后封口（不能漏气）并放在阴凉处，可延长种子寿命数年。
干燥剂密封贮藏不仅适用于水稻种子，也适用于其他种子，但是对于大豆等油料作物种子，放入生石灰要适当，否则种子干燥过度会影响发芽率。