一、科目体系设置（三种方法）
根据《高新技术企业认定管理办法》第十三条的有关规定：高新技术企业复审时，近三年研发费用需要达到所规定的标准。企业在会计科目设置时，可以通过以下三个途径设计会计科目体系。
1、设置“研发支出”一级会计科目
一般企业，把研发费用设置为管理费用的二级科目。此种情况下，仅用于研发规模较小的企业。如果认定为高新技术企业，其研发力度是很大的。况且在此情况下受制于管理费用不能过大，否则会与集团财务预算冲突或者容易引起税务机关的关注，很多企业通常都不太便于把所有研发费用全部归集在管理费用科目之下。
这就要求企业把“研发支出”设置为一级会计科目，二级科目按照八大类费用项目核算，三级科目按照研发项目设置。这样整个研发费用核算体系就能科学地建立起来。不需要资本化的研发费用，当期结平，结转到管理费用下二级科目；需要资本化的项目，在此科目内留存。如此核算，日常会计核算中就已经把研发费用自动归集了，实属一劳永逸之策。
2、完善规范的“研发费用”辅助账
《高新技术企业认定管理办法》与企业会计准则在本质上有很大不同，口径也明显不一。如果企业确实不能把“研发支出”设置为一级会计科目进行核算，从专业的角度看也能理解。那么企业就应该在“研发支出”辅助账上下功夫，但要做到“合理”、“规范”、“清晰”，具体情况因企业而异。
3、建立“研发支出”一级核算与辅助账相结合的方式有的企业靠以上任何一个单一的方法往往无法实现“合理”归集研发费用，那就结合以上两种方法，当然研发费用数据不能重复或者有矛盾。
二、高新技术企业复审研发费用调整中需要注意的问题1、与已申报研发费用数据的统一性
按照国税函[2009]203号文的要求，高新技术企业汇算清缴期间需要向税务机关报送研究开发费用结构明细。高新技术企业复审研发费用调整中，就要重点关注一下，已经向税务机关申报了的研发费用数额，否则容易引起自相矛盾的情，如果有矛盾，被查的几率很大。特别是已经做过研发费用加计扣除的高新企业，再次调整研发费用的余地更有限。
另外，很多高新技术企业往往都要按季度、月份向各地科技部门或者园区管委会报送高新企业相关数据，比如：产值、知识产权、研发费用等项目，本次对于研发费用的调整也应顾及到原已申报数据。
2、与研发项目、知识产权等要素统筹考虑
高新企业复审各要素是有密切联系的，不能孤立的调整一个因素，应作为一个整体，通盘考虑，这种调整才更有效率、科学，也更能符合高新技术企业的本质特点。
3、跨期的研发项目费用的问题
企业的研发项目通常都包括两种：当年完结的和跨年度的，跨年度的研发项目在核算研发费用时，应密切关注研发费用预算与研发项目验收报告，以合理分摊各年度的研发费用。