俄罗斯（苏联）是新疆分裂的罪魁祸首。从19世纪开始，俄罗斯就一直致力于分裂新疆。1865年乘中国内乱未平，在俄罗斯的支持下，新疆一些地方势力掀起反清运动的时机，在新疆建立了分裂政权，他们同俄国进行了一系列勾结，非法签订商约与协定，大批出卖我国新疆地区的权益。1871年－1881年俄罗斯甚至出动军队占领了伊犁和塔城，武装干涉中国内政，图谋分裂侵占新疆。在整个清末时期，俄罗斯一直不遗余力的策划新疆分裂，先后策动了阿古柏叛乱、妥明叛乱，以及1918年的库车暴动。 1874年，清政府派左宗棠去新疆平叛，中国军队经过几年艰苦的战斗消灭了分裂主义分子，驱逐了俄罗斯侵略军，并在新疆建省，稳定了新疆的局势。
沙俄政权灭亡后，苏联从20世纪20年代开始插手新疆，意图将其"外蒙古化"，建立一个脱离中国的、为苏联控制的独立地区，或者一个象外蒙古那样的社会主义国家。其实维吾尔族这名称是苏联在1921年在塔什干提出的，之前是以地方来命名，一直不存在统一称呼。
1933年，苏联在北疆的阿山地区策划了反新疆金树仁政府的政变，由阿山地区哈萨克族头人沙里福汗策划宣布独立。同年接受苏联资助和培训的和田人伊敏布格拉成立了"和田埃米尔国"，自任"和田埃米尔"。随后任新疆省主席的盛世才曾经先后向苏联驻迪化总领事兹拉什金（Злащкин）和阿布列索夫（Априсюв）表示，要求将新疆作为苏联的一个自治区或加盟共和国。条件是苏联出兵帮助他击退马仲英部队对迪化等地的进攻。苏联派兵，伪装成"阿勒泰军"。但是顾忌到国际社会的反对和干涉，没有贸然宣布吞并新疆。
在1930年代和1940年代，苏联多次试图吞并新疆地区，将其改为"东突厥斯坦苏维埃社会主义加盟共和国"，为此扶植了很多新疆民族主义和共产主义团体，最有影响的是阿不杜力克木阿巴索夫的"新疆共产主义者同盟"。并最终酿成了1944年惨绝人寰的三区分裂暴乱。
1944年，在苏联的策划和指挥下新疆发生了“三区分裂暴乱”，数万人被杀（绝大部分是无辜汉族群众）。在苏联内务人民委员贝里亚亲自坐镇阿拉木图指挥下，大批在苏联学习了特种作战战术的突厥极端分子也纷纷越过国境进入暴动地区，直接参与了“三区分裂暴乱”，主要有1、索夫和阿列克山德洛夫在苏联编组训练的特种游击队，他们人员虽然少，但是装备精良，战斗力很强。 2、列斯肯率领的由俄罗斯族人组成的芦草沟游击队。 3、鲍里诺夫和伊斯哈克伯克从苏联带回来的突厥骑兵，就是他们制造了玉尔都斯山和艾林巴克的大屠杀。4、最后发展到直接出动苏联红军与中国军队作战，使得中国军队不得不两面作战，在东边与日本侵略军进行抗战的同时，中国政府抽调大批主力部队进入新疆，在西边与俄罗斯侵略军和新疆分裂主义分子进行作战。
在1960年代中苏决裂之后，苏联又开始策动新疆地区的分裂活动，在哈萨克斯坦的塔拉斯、乌兹别克斯坦的撒马尔罕设立训练中心，从逃亡苏联的中国难民中培训维吾尔族、哈萨克族特工，派遣他们回中国窃取情报、煽动分裂活动，并印刷宣传资料，设立维吾尔语的广播电台。苏联设立的维吾尔语的广播电台是世界上唯一一个设立的用来分裂中国的广播电台。直到1985年才停止广播。1979年苏联入侵阿富汗、中越战争爆发后，中苏关系极度紧张，驻扎在中苏边界西段的苏军曾经在中亚腹地进行过入侵新疆的大规模演习。俄罗斯是当今世界唯一一个举行过大规模入侵中国的军事演习的国家，这些入侵中国的军事演习资料一直被俄罗斯所保留。
除了长期图谋分裂新疆外，苏联还多次分裂或图谋分裂中国其他地区：
1、与日本勾结，狼狈为奸，宣布承认伪"满洲国"。值得一提的是美国于 1933年1月15日通告世界各国不承认"满洲国"，英国政府于1934年3月13日声称永不承认伪满洲国。由于美英的坚决反对，对"满洲国"的历史地位产生巨大影响，直到二战结束，也没几个国家承认伪"满洲国"。随着日本战败，苏联被迫承认东北是中国领土。
2、一九二一年，苏联唆使中国的唐努乌梁海地区独立并立即与之建立外交关系，一九四四年正式吞并唐努乌梁海地区，总面积约十七万平方公里国土。
3、 策划外蒙独立。造成的中国国土流失为144万平方公里。俄罗斯（苏联）还长期驻军蒙古，威胁中国。