商鞅与王安石、张居正被誉为中国封建社会早期、中期、晚期“三大改革家”，其历史地位在历代改革家中首屈一指。说到商鞅变法，历代史家均赞扬其成功的、积极的一面，同情其惨遭车裂的悲剧，而没有用一个成熟政治家的眼光，认真总结商鞅变法本身存在的缺陷和不当，特别是他实施残酷的恶法及偏激的执法行为所带来的消极作用及教训。
法律依其宗旨和效果有优劣善恶之分，商鞅生活的战国时代的国家是“一家之国”，而不是人民共和的“大家之国”；商鞅领导的政府内阁是君主奴仆，而不是人民公仆；商鞅变法的立法宗旨是“富国强兵”，巩固秦国君主专制统治，根本没有把老百姓的切身利益放在第一位，所谓“富民”的根本目的还是为了强一家之国。因此，其所谓法律是君主及其利益集团意志的“合法化”，是君主本位政权的治理工具，是“牧民”的鞭子和刀子，是打压武器，而不是社会进步、经济发展和人民福利的“社会契约”。变法主要是对君主有利，是君主的善法，对老百姓来说只能是“最不坏”的法律，其中一些法令仍是针对老百姓的恶法。在那样一个法律体系下，四海之内的土地和人、财、物都是统治者的经营资源，治理如同经营，在“董事长”秦孝公支持下，“总经理”商鞅两次推行变法，奠定了秦国富强的基础。就法说法，商鞅改法为律，扩充法律内容，运用法律手段推行“富国强兵”战略，用法律手段剥夺旧贵族的特权，全面贯彻法家的政治、经济、军事主张，无疑是进步、有力、高效的。但是，商鞅主张并实行的“连坐法”、“鼓励告奸”、“轻罪重刑”、“刑用于将过”、“不赦不宥”、“燔诗书而明法令”等法令是不折不扣的恶法，恶法破坏了支持变法的社会基础，激化了社会矛盾，埋下了仇恨的种子，布下了个人悲剧的“地雷阵”。
“连坐法”是在户籍编制的基础上实行的。商鞅一派法家实行“连坐法”的目的，就是要使人民互相保证，互相监视，互相揭发，一人有罪，五人连坐，即使是盗跖也没有办法为非作歹。“连坐法”不但实行于乡里的居民之中，也实行于军队的行伍之中，一人逃亡，其他四人就要受处罚。商鞅推行“连坐法”，防民如同防贼，使大量无辜百姓和基层士兵无端遭受酷刑。鼓励亲属互相监视、互相告密的法律违背人性，伤害人伦亲情，违背了《周礼》早巳深入人心的“亲属之间不得互相告发”的人性化规定。“轻罪重刑”的制度使司法行为恐怖化；“刑用于将过”的规定让没有犯罪事实但有所谓“犯罪动机”的人遭受酷刑；“不赦不宥”的规定使所有“犯罪分子”失去“悔过白新，重新做人”的机会，一旦获罪则走上绝路。商鞅一派推行的高压政策以及压抑商业活动的法令，大范围激发了人民群众愈来愈激烈的反抗情绪，新法整体虽好，但部分恶法破坏了社会和谐，从而失去了变法、执法和守法的群众基础。恶法之害不独在秦，两千多年来，株连和鼓励亲属告密的恶法劣习贻害无穷，后代实行者无不离心离德，无不众叛亲离。
为了确立法家思想“一股独大”的极端统治地位，商鞅一派主张焚烧儒、道、墨诸家经典，重点打压儒生，摧残文化，破坏了春秋战国时代“百家争鸣”局面，其偏激的做法激起诸子百家的对立情绪，失去了知识分子阶层对变法的认同和支持。“刑不上大夫”是当时社会公认的刑法原则，割鼻子、脸上刺字是打击严重刑事犯罪的侮辱性刑罚。历代历史学家都赞扬商鞅“执法不避贵势”，严厉处置太子师傅公子虔、公孙贾等“异议人士”。实际上，商鞅用肉刑残酷打击持不同政见同僚和旧贵族的做法很不理性，激化了上层矛盾，增加了对立面，这是商鞅“政治上不成熟”的具体表现。一个政治家成熟的做法，一是给被剥夺特权的贵族找出路，给利益格局调整受损者以必要的生活保障；二是包容持不同意见人士，尊重那些主张自身权利的阶层或既得利益集团，不要把人逼上绝路。
秦孝公死后，商鞅被诬告谋反，遭车裂而死。韩非说：“商君死而秦法未败。”(《韩非子・定法》)商鞅被处死的名义并不是变法，证明变法是不能作为罪名的。旧贵族不敢公然反对大势所趋的改革，他们的反扑带有极大的个人报复性，商鞅的个人悲剧与他主张并实行的重刑、恶法和过激行为有直接关系，个人恩怨和利害计较可能是商鞅遭车裂而死的最深层次的原因。如果商鞅懂得“帕累托改进”原理，懂得构建和谐社会对改革的重要性，或许会是另外一种命运。