据《三国志》载：有一天，华佗在路上遇到一位咽喉被东西堵塞的患者。华佗对患者说：“刚才你经过的路旁，不是有个卖饼的吗?他腌制的蒜齑(即切碎的大蒜子)很酸，你多买些来吃了就会好。”患者照办了，果然吐出一条大蛔虫，病就好了。
大蒜是民间常用于治疗腹泻的偏方和验方。历代本草言“大蒜气味辛温，能杀毒气”。我国很早就开始运用大蒜治疗胃肠病。唐代孙思邈用大蒜治疗泄泻暴痢，明代李时珍则用大蒜治疗霍乱和冷痢。古人还主张将大蒜作为出行时的必备药物，如元代王祯在《农书》中说，将大蒜“携之旅途，则炎风瘴雨不能加，食之腊毒不能害”。
大蒜作为最古老的人工栽培植物之一，其杀菌与强壮身体的功效早被人们所知。在古代印度，它甚至被用来治疗麻疹、毒蛇咬伤、肺炎以及寄生虫病。大蒜作为偏方，至今亦常用于治疗胃肠炎及痢疾之类的疾病，如用生大蒜捣碎敷贴足心。也可贴脐中，除痢止泻有良效。又如治小儿腹泻，可取带皮大蒜两头。先加以烧烤，待皮焦黑、肉软熟时服食。此时大蒜已无辛辣味，小孩能够接受，服后即可止泻。如服一次无效或效果欠佳，可多服几次。用此法治疗成年人腹泻亦有一定效果。不过，大蒜生用比熟用效果好，成年人以生吃大蒜为佳。
研究人员曾进行流行病学的调查。通过对685名胃癌患者和1131名正常人进行对比发现，食用以大蒜为主的葱属蔬菜的人，其癌症发病率要比不吃大蒜的人低。
此外，大蒜还具有预防甲流等多种保健作用：
1、强力杀菌。大蒜中含硫化合物具有极强的抗菌消炎作用，对多种球菌、杆菌、真菌和病毒等均有抑制和杀灭作用，是目前发现的天然植物中抗菌作用最强的一种。
2、排毒清肠，预防肠胃疾病。大蒜可有效抑制和杀死引起肠胃疾病的幽门螺杆菌等细菌和病毒，清除肠胃有毒物质，刺激胃肠黏膜。促进食欲，加速消化。
3、降低血糖，预防糖尿病。大蒜可促进胰岛素的分泌，增加组织细胞对葡萄糖的吸收，提高人体葡萄糖耐量，迅速降低体内血糖水平，并可杀死因感染诱发糖尿病的各种病菌，从而有效预防和治疗糖尿病。
4、防治心脑血管疾病。大蒜可防止心脑血管中的脂肪沉积，具有降低胆固醇、调节血压，增加血管的通透性等作用，从而抑制血栓的形成和预防动脉硬化。每天吃两三瓣大蒜、是降压最好最简易的方法，大蒜可帮助保持体内一种酶的数量适当而避免出现高血压。
5、预防感冒。大蒜对病原菌和寄生虫都有良好的杀灭作用，可预防感冒，减轻发热、咳嗽、喉痛及鼻塞等感冒症状。