来料加工厂转型中重点需注意的几个问题
（一）海关监管设备的处理
海关监管设备的处理，一般有以下几种方法：
1．监管设备已超过5年的，到海关办理解除监管手续。
2．海关监管的设备办理退关手续。按原则必须退港复进，怎样办理设备原地结转，对企业来说是最好的处理方法。
3．海关监管的设备，补交关税和增值税。监管设备未满5年按折旧后的余额缴纳，具体征税价值由海关认定。
（二）海关监管材料的处理
1．来料加工厂注销前，尽可能的将海关监管材料用完，如果不能全部使用，也要想办法将剩余的监管材料降低到最低限度。
2．监管材料在海关补征关税和增值税。可在国内进行销售。
3．实施上述方法确有困难，将监管材料退关（退到HK或是保税仓库）。待独资企业申请到海关生产合同后，再用独资企业的合同复进口。
（三）财务会计帐处理和海关实物帐处理
来料加工厂注销，税务机关要履行查账程序，重点检查财务会计账，海关要履行海关检查程序，重点是检查海关仓库实物账。根据深圳海关（2002）190号文的规定，凡在深圳海关注册登记、备案的企业，都要设置总账、明细账（主要有往来明细账、产品销售明细账、原材料明细账、成本费用明细账、固定资产明细账）、银行存款日记账、现金日记账、会计凭证。仓库必须建立符合海关监管要求的、记录货物进出管理的账簿及单证，包括进口原材料进出仓账、成品进出仓账、国内购料进出仓账、委托加工、发外加工账、边角废料残次品账、成品（国内销售）进出仓账等六套仓库实物账。为做好税务和海关的检查工作，没有建账的要补做起来，已建账的要认真自查，发现问题及时处理，避免在税务和海关检查中带来麻烦。
（四）土地使用的归属问题
目前，外商在珠江三角洲的来料加工之形态进入大陆投资，其厂房、土地绝大多数是采用租土地、外商自己盖厂房，常由外商与当地管理区租得50年之集体土地使用权，这种集体土地租赁合约是管理区签订而并非国土管理行政单位签署，严格从法律意义上分析，这租赁合约为变相的买卖集体所有权土地行为，属于非法行为，其租赁关系变得不法律保障，在这土地权属于不明朗之情形下，外商欲自行在土地上盖建大量厂房和员工宿舍，造成土地、房屋之权属不一致，若发生纠纷，在《中华人民共和土管理法》中外商得不到保障。
依照现行土地管理规定：外商（包括台商）在大陆地区购买土地使用权，必须先立项审批，即带项目批地，而［来料加工］不包括在项目之范围。据了解，有些地方国土局针对出让地区抬高投资土地管理相当混乱之情况，已着手进行土地清查工作，即将来不具备［项目］投资的外国经济组织及自然人、法人（包括港澳台）不允许购买有出让地，亦即来料加工的外方投资企业将无法取得国地使用证，由此可知，来料加工企业取得国有出让地使用权的唯一可行之途径是将企业转变为独资企业，土地使用权即可过户到独资企业之名下。因此为了自身企业的权利及利益，建议尽快转型以利企业之获利。
来料加工企业转型为三资企业的好处
（一）“三资”企业拥有独立法人资格
1、“三资”企业的经营方式灵活多样。可以开展进料加工业务、来料加工业务和一般贸易业务。
2、可以开设独立外汇账户，结汇更方便。
3、企业具有进出口经营资格，开展加工贸易业务不必委托国内经营单位，节省费用。
4、有利于开拓国内市场。
5、生产型企业经审批还可以增设“商业批发（零售）”的经营范围，使生产型“三资”集工、贸于一身，不但可出口和内销自产产品，还可收购其他企业生产的产品向国内外市场销售，企业经营灵活方便。
6、有利于享受各项优惠措施。
为帮助现有外商投资企业实现转型升级，广东省和东莞市已分别出台或将出台一系列的鼓励扶持政策，包括利用地方财政资金设立鼓励外资企业转型升级等方面的专项资金。根据国家财政政策，要求申请享受财政资金扶持的企业必须是独立法人企业，因此我市现有的来料加工厂在转型升级过程中因不具备独立法人资格将坐失享受地方政府在资金方面的扶持机会。
7、可向境内金融机构融资。
8、明晰产权。
（二）地方政府部门为企业转型出台各项鼓励政策和便利措施
1、市政府出台加工贸易转型升级专项资金，为来料加工厂转型为“三资”企业过程中须缴纳的法定规费给予一定的补助，以减轻企业转型负担。
2、对于转型后的“三资”企业给予一定的优惠政策。
转型的“三资”企业符合有关规定可继续申请来料加工合同。
来料加工企业转型升级办理流程图
第一阶段 设立公司
独资企业名称预先核准
转型登记表盖章 办理预赋码 办理租房合同 办理环评报告 投资者境外认证
环保批文申请 行业前置审批
独资企业贸工设立批准
办理营业执照
印章申请及刻制
办理组织机构代码证
办理国地税登记
办理外汇登记及项目核准
银行开设账户
办理进出口权备案 办理财政登记证 办理海关登记证
办理电子口岸 办理检验检疫证
第二阶段 投资结转
鼓励类项目备案
鼓励类进口设备征免证明
设备转出补充协议备案及设备转厂清单审批
设备结转
进口设备价值鉴定 注册资本现金汇入 出具验资报告
营业执照实收资本变更
办理生产能力证明
首期生产合同申请
原料结转
一般纳税人资格认定
办理出口退税证
第三阶段 原厂注销
签定来料加工终止协议
外经公司呈批表 协议手册注销 外汇核销 检验检疫证注销
办理工人工资付清证明 国税、地税注销 贸工终止协议批准
海关登记证注销
银行账户注销
印章缴销
特准营业证注销
社保注销 代码证注销 外汇登记证注销