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植物过滤，即利用植物的根部吸收掉硝酸盐。植物的生长主要是以阳光、氮、磷、钾为养分。而鱼池中的水正好能够为植物提供部分养分。
一般过滤系统的过滤流程是：沉淀仓能使水中的大颗粒杂物随着水流沉淀在沉淀仓；接下来水中仍然存在的小颗粒继续随着水流进入物理过滤，去除水中的物理颗粒；在进入生化过滤时，主要是将水中的亚硝酸盐和硝酸盐转化为氨氮化合物的过程。到这时水中毒性最强的硝化物虽然被分解了，但随着时间的累积，水中的氮化物会达到一定的上限，而植物生长的同时就能吸收鱼池中的氮。只要植物够多，就能使鱼池中硝酸盐的浓度保持在一个较低的水平，可以帮助减少换水的次数。
利用水生植物净化污水是一种成本低廉、节约能源、效益较高的简便易行方法。经试验证明，多种高等水生植物对氮、磷以及酚、氰等有机物都有吸收、积累和转化的能力。其中，水葫芦、水花生、水葱、浮萍、紫背萍、弧尾藻、宽叶香蒲、水浮莲等都能有效地吸收、积累、分解废水中的营养盐类和多种有机污染物。
据试验，浮萍可以在5小时内去除50%的铵离子，而在混合硝酸盐和氨的环境，可以在16小时内去除75%的氨。
用水芙蓉处理铵离子的速度：植物处于0.025mg/L 的硝酸盐中需要18小时吸收完毕； 但如果是0.025mg/L的铵离子中则只需3.9小时。 如果浓度增加时，差异更大。 植物吸收硝酸盐似乎要比吸收氨费力。实验也证明， 水芙蓉在黑暗时，吸收硝酸盐的速度就没有像在明亮时快，而氨就没有白天和黑夜的问题。所以吸收硝酸盐要比吸收氨更需要能量。
适合植物过滤的植物有铜钱草、绿萝、水金钱、水葫芦、龟背竹、铁线蕨、金皇后、银皇后、黑美人等等，有的鱼友还会采用种植蔬菜的方式自制植物过滤，比如空心菜。鱼友在选择水生植物时，一定要弄清楚其生长习性，比如喜光程度。
最后，水生植物可以种些在过滤槽，当然也有直接种在鱼池中的。相比之下更提倡种在过滤槽。另外这类植物的生长速度一般较快，需要定期采收并清理。
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